ISCOMET – Inštitut koordinira in izvaja različne mednarodne projekte, organizira mednarodna znanstvena in strokovna srečanja, spodbuja izmenjavo informacij, znanj in izkušenj, razvija raziskovalno delo ter sodeluje s tistimi vladnimi in nevladnimi organizacijami ter drugimi institucijami, ki si zastavljajo podobne cilje. Še posebno pozornost posveča ISCOMET organizaciji številnih mednarodnih strokovnih srečanj kot so znanstvene konference, sestanke, okrogle mize, seminarji ipd.
Ob koncu devetdesetih let je nastala tudi ISCOMET Mreža za demokracijo, človekove pravice, zaščito manjšin, sodelovanje in razvoj v JV Evropi. Člani te ISCOMET mreže so posvečali posebno pozornost spodbujanju prispevka cerkva in verskih skupnosti v JV Evropi spravi, demokraciji, spoštovanju človekovih pravic in pravic manjšin ter sodelovanju in razvoju. To so cilji mednarodnega projekta z naslovom “Mariborska pobuda”.
V teku je več velikih mednarodnih projektov pri katerih ISCOMET aktivno sodeluje kot koordinator ali kot partnerska organizacija, omenimo le najpomembnejšega:
ISCOMET- Inštitut razvija tudi založniško dejavnost. Izdal je številne znanstvene in strokovne publikacije. Od leta 1995 je ISCOMET tudi soizdajatelj in založnik revije ˝Regional Contact˝, ki je namenjena izmenjavi izkušenj in idej na področju regionalizma, čezmejnega sodelovanja, ohranjanje kulturne dediščine regij in etničnih skupin ter varovanju manjšin v Evropi.
