Delovanje ISCOMET inštituta je usmerjeno predvsem na naslednja področja:

  • procesi povezovanja in integracije v Evropi, posebej odnosi med sosedi,
  • človekove pravice, varstvo manjšin in med etnični odnosi,
  • preprečevanje in mirno reševanje etničnih konfliktov,
  • problemi etnične identitete migrantov,
  • regionalizem in regionalno sodelovanje,
  • regionalno planiranje in razvoj,
  • čezmejno regionalno sodelovanje,
  • mednarodne regionalne skupnosti,
  • kulturna dediščina etničnih, narodnih in verskih manjšin,
  • arhitekturni spomeniki manjšin in spomeniki tradicionalne regionalne  arhitekture,
  • ohranjevanje evropskih regionalnih krajinskih značilnosti,
  • dejavnosti mednarodnih vladnih in nevladnih organizacij na področju delovanja Inštituta.